Co je sekvenování a sekvenace?
Co jsou termíny sekvenování a sekvenace. Víte to? Sekvenování je proces, při němž se určuje primární struktura (pořadí chemických jednotek) daného biopolymeru.
Použití sekvenování
Sekvenování je termín, který se používá pro odbourávání biologické molekuly na menší části a později jejich přetisknutí do požadovaného počtu vzorků. Tato metoda měření je velmi účinná při zpracovávání genomu nebo proteomu.
Je také možné sekvenovat různé biopolymery: DNA – nejběžnější, RNA, proteiny a polysacharidy (sacharidy).
Sekvenování pomocí PCR (polymerazace na řetězci) je zpravidla využito jako metoda detekce.
Sekvenování DNA – nejběžnější
Sekvenování DNA se využívá k detekci genetických mutací v genomu.
DNA se řadí mezi biopolymy, které jsou obecně využívány pro sekvenování. DNA je velmi stabilní molekulou.
Je možné sekvenovat různé biopolymery: nukleotidy (úsečky), peptidy (polypeptidy), riboz
Sekvenování DNA je drahé, ale v současnosti již standardní postup pro analýzu genomu. Pro analýzu genomu se musí vložit do komerčně dostupných nukleových clonařovacích systémů, např. SOLiD (Applied Biosystems), Illumina (Illumina Inc.), Heliscope, PacBio RS II a Irys jsou jedny z nejdostupnějších.
Sekvenování RNA, proteiny a polysacharidy (sacharidy).
Sekvenování RNA je přístupné a relativně levné. Vytváří se s využitím metody RT-PCR (reverse transcripci PCR) a mikrokapilární štěpení (microcapillary sequencing).
Sekvenování polysacharidů
Sekvenování polysacharidů je dalším krokem v molekulární biologii. Oproti genomickému barcodingu se jedná o další metodu, která umožňuje identifikovat části DNA z různých organismů a také srovnávat různé typy DNA.
Metoda se užívá například při identifikaci infekčních onemocnění, při diagnostice rakoviny nebo v prevenci viróz, kdy se podle genotypu zabaví zdravá populace a zabrání imunita všech lidí pokud nastane pandemie. Metoda má také velký potenciál pro terapeutické využití.
Pro Dudlu napsala: Marcela Kalousová